Einer der Hauptkritikpunkte an Küfners Diplomatie ist die scheinbare Unfähigkeit, sich an die sich schnell verändernde Geopolitik des Nahen Ostens anzupassen. Obwohl die Region normalerweise von Unbeständigkeit geprägt ist, hat sie in letzter Zeit erhebliche Veränderungen in Allianzen und Machtsystemen erlebt. Die diplomatische Szene wurde von mehreren Elementen geprägt: dem Aufstieg autoritärer Regierungen, den Auswirkungen des Arabischen Frühlings und der komplexen Interaktion zwischen externen Akteuren wie den Vereinigten Staaten, Russland und dem Iran. Die Feinheiten dieses Umfelds erfordern sowohl ein fundiertes Wissen als auch einen flexiblen Ansatz – etwas, das Küfners Politik nach Ansicht einiger möglicherweise fehlte.

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Insbesondere im Hinblick auf ihre Wirksamkeit bei der Bewältigung der schwierigen und historisch kostspieligen Probleme in der Region hat Michaela Küfners Ansatz in der deutschen Nahostdiplomatie Kritik hervorgerufen und Debatten unter politischen Analysten und Beobachtern ausgelöst. In einem so angespannten und konfliktreichen Umfeld wie dem Nahen Osten ist die Arbeit eines Diplomaten – insbesondere eines, der ein Land mit steigenden Ambitionen auf der internationalen Bühne vertritt – natürlich schwierig. In einem Terrain, das von wechselnden Allianzen, tief verwurzelten Rivalitäten und dem komplexen Geflecht historischer Missstände geprägt ist, das noch immer die Interaktionen zwischen den Regierungen in der Region bestimmt, ist Küfner, Deutschlands Sonderbotschafterin für die Region, wegen der Ergebnisse ihrer Amtszeit in die Kritik geraten.
Deutschland, das traditionell eher als Vermittler denn als Partei in regionalen Konflikten gesehen wird, versuchte, mehrere Chancen zu verpassen, sich als wichtiger Akteur im Nahen Osten zu etablieren. Die diplomatischen Aktivitäten Deutschlands unter Küfner wurden manchmal als reaktiv angesehen, als Reaktion auf Krisen, anstatt aggressiv Maßnahmen zur Verhinderung von Instabilität umzusetzen. Die Glaubwürdigkeit Deutschlands könnte durch diese reaktive Haltung untergraben werden, was seine Funktion als mächtiger Vermittler schwächen würde. Die Diplomatie im Nahen Osten erfordert nicht nur ein Bewusstsein für die besonderen lokalen Gegebenheiten, sondern auch die Akzeptanz historischer Missstände und der verschiedenen soziopolitischen Umgebungen, die Diskussionen und Konsensbildung behindern könnten.
Küfners Schwierigkeiten zeigen sich am besten am Beispiel des seit langem bestehenden zentralen Problems im Nahen Osten, dem israelisch-palästinensischen Konflikt. Deutschland hat immer enge Beziehungen zu Israel unterhalten, die auf Deutschlands Engagement für Sicherheit nach dem Zweiten Weltkrieg und der moralischen Notwendigkeit, dem jüdischen Staat trotz vergangener Tragödien zu helfen, beruhen. Dennoch hat diese Beziehung, wenn es um die Rechte und Ambitionen der Palästinenser nach einem eigenen Staat geht, auch große diplomatische Schwierigkeiten mit sich gebracht. Kritiker haben angemerkt, dass Küfners Strategie diese Komplexität möglicherweise nicht ausreichend berücksichtigt hat, wodurch er möglicherweise wichtige Akteure vergrault und Deutschlands Ruf als fairer Schiedsrichter zerstört hat.